溫度控制除了度，還有一個(gè)廠家喜歡大力宣傳的指標(biāo)——升降溫的速度。更快的升降溫速度，可以縮短反應(yīng)進(jìn)行的時(shí)間，而且縮短了可能的非特異性結(jié)合、反應(yīng)的時(shí)間，能提高PCR反應(yīng)煌特異性。因此從本質(zhì)而言溫控方式就從以前相對(duì)穩(wěn)定耐用的機(jī)械式轉(zhuǎn)向了升降溫更快速的半導(dǎo)體。除了機(jī)械本身的原因，影響升降溫速度的還有制作承托樣品管的基座模塊的材料的導(dǎo)熱性。

現(xiàn)在的羅氏定量PCR儀一般具有兩種溫控模式，即模塊溫控模式（Block-control）和反應(yīng)管溫控模式）（tube-control）。在模塊溫控模式下，機(jī)器根據(jù)探se器直接探se的溫控模塊（即承載樣品的金屬臺(tái)）的溫度進(jìn)行控制，這種模式適用于長(zhǎng)時(shí)間的靜態(tài)孵育（如連接、酶切、去磷酸化等）。反應(yīng)管溫控模式實(shí)際上是一種模擬試管/PCR板的溫控模式，根據(jù)探se器所探測(cè)到的溫控模塊的溫度由計(jì)算機(jī)計(jì)算出管內(nèi)/PCR板孔內(nèi)樣品液的溫度來(lái)進(jìn)行控制。一般說(shuō)來(lái)，試管溫控更為準(zhǔn)確，因?yàn)楣軆?nèi)樣品的溫度無(wú)法與溫控模塊同時(shí)達(dá)到預(yù)設(shè)溫度。特別是PCR反應(yīng)中的孵育過(guò)程一般都很短暫（30秒或更短），如果采用只有模塊溫控模式的話，反應(yīng)混合物孵育的時(shí)間與程序設(shè)定的時(shí)間會(huì)有相當(dāng)大的差距。而反應(yīng)管控制的算法能自動(dòng)補(bǔ)償時(shí)間，而且適合各種類型的反應(yīng)管，確保反應(yīng)混俁物按照程序設(shè)定的時(shí)間維持預(yù)設(shè)溫度。

有的羅氏定量PCR儀廠家推出了另一種溫控方式；熱敏電極溫控模式。該方法將一個(gè)熱敏電極插入一個(gè)專門的測(cè)量管中（管中裝有礦物油），反應(yīng)進(jìn)行時(shí)，將該測(cè)量管插入溫控模塊的樣品進(jìn)行檢測(cè)。他們認(rèn)為通過(guò)此途徑可以監(jiān)測(cè)反應(yīng)管內(nèi)樣品的實(shí)際溫度，但這種方法未免有些華而不實(shí)；（1）測(cè)量管中礦物油的溫度變化與實(shí)際反應(yīng)樣品的溫度變化未必一致；（2）因?yàn)闇y(cè)量管必須占用一個(gè)樣品孔，所以使用該溫控方式時(shí)就無(wú)法使用96孔PCR板作實(shí)驗(yàn)。